三清阁，始建于明代，历经修葺，1983年公布为昆明市文物保护单位。

由灵官殿西折，“攀崖蹑峻，愈上愈奇”，蜿蜒石级达三清阁。三清阁坐西向东，二层楼阁倚罗汉崖石壁危峙，登楼俯瞰，扩然全收滇池水海之胜。
三清阁，又称三清天、三清境，是道教三十六天中仅此于“道境极地”大罗天的最高仙境。一气化三清，大罗天的太乙混然之气，生为始、元、玄三气，化成三清天，即清微天，玉清圣境，始气所成；禹余天上清真境，元气所成；大赤天太清仙境，玄气所成。三清天居道教三位尊神：玉清境元始天尊、上清境灵宝天尊、太清境道德天尊，三清是道教信奉的至高偶像。罗汉山三清阁是“九层十一阁”中的主体建筑，北侧曾有纯阳楼及其他殿宇，多次修葺，仅存旧址。

三清阁有一副历史佚名长联：“半壁起危楼，岭如屏，海如镜，舟如叶，城廓村落如画，况四时风月，朝暮晴阴，试问古今游人，谁领略万千气象； 九秋临绝顶，洞有云，崖有泉，松有涛，花鸟林壑有情，忆八载星霜，关河奔走，难得栖迟故里，来啸傲金碧湖山。”长联高度概括了三清阁的景观特色。

一九八六年十月十七日，英国女王伊丽莎白二世、爱丁堡公爵登上三清阁，兴致勃勃观赏滇池胜境。