慈云洞石窟位于凤凰岩南面的悬崖峭壁之上。清乾隆年四十六年至六十年（1781-1795），贫穷道士吴来清历时十四年，继开拓凤凰岩，又雕凿“普陀胜境”坊，打通傍崖螺旋石道，镂刻慈云洞石窟，开辟观景平台。石窟所有神像、神台、香炉、门楹等全就原生岩石镂空雕凿。精雕细镂的慈航，即送子观音。观音佛道共参，佛教称观世音菩萨，道教称慈航真人。

慈云洞石道凿有绝壁石窗，洞壁摩崖镌刻“长歌怀采薇”、“谁敢不低头”等题词。慈云洞石窟内外，摩崖匾额楹联琳琅满目。慈云洞凭栏俯视，“洞外云舒霞捲；海中日往月来”，“仰笑宛离天尺五；凭临恰在水中央。”

清嘉庆六年(1801)，乡试解元、彝族诗人那文凤咏《赠吴道士》七律二首，刻在洞前石香炉上，赞誉吴道士“万钻千椎显巨才，悬崖陡处辟仙台。何须佛洞天生就，直赛龙门禹凿开……”