玉皇阁位于真武殿悬崖上方，孝牛泉北侧，是供奉道教玉皇大帝的殿宇。三清是道教尊奉的最高天神，辅佐三清主管三界的是“四御”，即主管三界的四位天帝。四御之首是“昊天金阙至尊玉皇大帝”。玉皇为众神之王，“圣中最尊，神中最贵”，故称“玉皇”。玉皇神权最大，管辖天神、地祇、人鬼统御天、地、水三界和十方、四生、六道。道教以每年腊月廿五日为玉皇出巡日，巡视下界众生，考察人间善恶、祸福，赏善罚恶。唐代普遍流行玉帝信仰，李白诗：“入洞过天地，登真朝玉皇。”宋代玉皇信仰列入国家祭天大典，上玉皇圣号、尊号。国家、道教、民间三方面玉皇信仰合流。正月初九是玉皇大帝诞辰，道观举行盛大的“玉皇会”，迎接玉帝御驾，诵经礼忏，祈祷风调雨顺，国泰民安。

西山玉皇阁高踞三清阁之上，视野开阔，是凭栏观赏滇池湖光山色的清幽之地。